Program pendidikan Doktor (S3) Ilmu Farmasi Unair mulai diselenggarakan sejak tahun 2010, berdasarkan SK Rektor Unair No. 1476/H3/KR/2009. Saat ini program studi dipimpin oleh Prof. Dr. Siswandono, Apt., M.S., berdasarkan SK Rektor Unair No. 97/H3/KR/2015. Program ini pada awalnya merupakan salah satu program studi di bawah kelola Program Pascasarjana Unair (Pasca Unair), tetapi berdasarkan Peraturan Rektor Unair No. 13/H3/PR/2011 dan SK Rektor Universitas Airlangga Nomor 1947/H3/KR/2011, program ini menjadi salah satu program studi di bawah kelola Fakultas Farmasi Universitas Airlangga karena bersifat mono disiplin keilmuan.

Ijin penyelenggaraan Program Studi Ilmu Farmasi Jenjang Doktor pada Fakultas Famasi Unair berdasarkan SK Rektor No. 7426/H3/KR/2012, yang diperpanjang ulang melalui SK Rektor No. 1/UN3/KR/2015. Program Studi Doktor (S3) Ilmu Farmasi beroperasional di jalan Dharmawangsa Dalam Surabaya, menjadi satu unit dengan Program Studi S1 dan S2 Fakultas Farmasi Universitas Airlangga.