Program Doktor Program Studi Ilmu Farmasi (PDPSIF) Fakultas Farmasi Universitas Airlangga mulai diselenggarakan sejak tahun 2010, berdasarkan SK Rektor Universitas Airlangga (UNAIR) No. 1476/H3/KR/2009. Program ini pada awalnya merupakan salah satu program studi di bawah kelola Program Pascasarjana UNAIR, kemudian berdasarkan Peraturan Rektor UNAIR No. 13/H3/PR/2011 dan SK Rektor UNAIR Nomor 1947/H3/KR/2011, program ini menjadi salah satu program studi di bawah kelola Fakultas Farmasi UNAIR karena bersifat mono disiplin keilmuan. Ijin penyelenggaraan PDPSIF pada Fakultas Famasi UNAIR berdasarkan SK Rektor No. 7426/H3/KR/2012, yang diperpanjang ulang melalui SK Rektor No. 1/UN3/KR/2015 dan SK Rektor No. 35/UN3/2018. Pada awalnya proses pendidikan pada PDPSIF dilaksanakan berbasis course-work, dan sejak tahun akademik 2016/2017 diubah menjadi berbasis riset. Saat ini program studi dipimpin oleh Prof. Dr. apt. Djoko Agus Purwanto, M.Si. berdasarkan SK Rektor UNAIR No. 1046/UN3/2020 dan dibantu oleh Sekretaris Program studi apt. Suciati, SSi., MPhil., PhD.